O Conselho Nacional de Medicina Legal tem as seguintes competências:
a) Emitir parecer sobre as reformas a empreender no sistema médico-legal ou que tenham implicações no seu funcionamento;
b) Emitir parecer sobre os modelos de cooperação dos serviços médico-legais com outros serviços ou instituições;
c) Dar parecer sobre o plano e o relatório anual de actividades do Instituto;
d) Pronunciar-se, por iniciativa própria ou a pedido do presidente do conselho directivo, sobre os assuntos relacionados com as atribuições do Instituto;
e) Elaborar recomendações no âmbito da actividade médico-legal;
f) Designar um representante para o Conselho Nacional de Ética para as Ciências da Vida.